A bioszisztemikus módszer kiemelt figyelmet fordít a kapcsolati aspektusra. Teszi ezt oly módon, hogy a testi folyamatokat, a mentális tartalmakat, és a kapcsolati történéseket együtt követi figyelemmel. A terápia során egy térkép „rajzolódik” ezáltal – egyúttal diagnosztikus eszközként is szolgálva – mely térképen láthatóvá válnak a kliens alul- vagy túlszabályozott területei és annak módjai. A bioszisztemikus modell szerint a test, a szó és a kapcsolat oly módon fonódnak össze, hogy az egyik segíti feltárni a másikat, az egyén teljes komplexitásában megjelenő gondolatain, mondatain, mozdulatain, hallgatásán keresztül. A terápiában a test, az elme és a kapcsolat hármasságát összekötve megjelennek az érzelmek.
Az „aktív” érzelmeket (öröm, harag, frusztráció) a szimpatikus rész, a „befogadó” érzéseket (gyöngédség, gyötrődés, szégyen, fájdalom, szerelem) főként a paraszimpatikus rendszer szabályozza. Ez a fajta „munkamegosztás” magától értetődően felborul, és felborítja az érzelmek egyensúlyát, ha a szimpatikus és paraszimpatikus részek nem egymást váltva lépnek akcióba. Ilyen esetekben cél a két rendszer újra-szabályozása.
Egy traumatikus élmény emlékezeti tárolásának módja kihat az egész szervezet működésére, ezért az esemény tudatos feldolgozása javíthatja az általános közérzetet. Amikor viszont az élmény nyelvi szinten nem jeleníthető meg, például nagyon súlyos stressz esetén, akkor a test memóriáját kell ösztönözni, el kell jutni az érzés endo- és mezodermikus összetevőihez. Ebben segít a bioszisztemikus szomato-pszichoterápia.
